Dalam melaksanakan tuas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 5, Kementerian Agama menyelenggarakan fungsi:

a.         Perumusan, penetapan dan pelaksanaan kebijakan di bidang bimbingan masyarakat Islam, Kristen, Katolik, Hindu, Buddha dan Khonghucu, penyelenggaraan haji dan umrah, serta pendidikan agama dan pendidikan keagamaan;

b.        Koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsure organisasi di lingkungan Kementerian Agama;

c.         Pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung jawab Kementerian Agama;

d.        Pengawasan atas pelaksanaan tugas di lingkungan Kementerian Agama;

e.         Pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi atas pelaksanaan urusan Kementerian Agama di daerah;

f.         Pelaksanaan kegiatan teknis dari pusat sampai ke daerah;

g.        Pelaksanaan penyelenggaraan jaminan produk halal;

h.        Perumusan dan pemberian rekomendasi kebijakan di bidang agama;

i.          Pelaksanaan pengembangan sumber daya manusia di bidang keagamaan; dan

j.          Pelaksanaan dukungan yang bersifat substantif kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian Agama